Une porte nommée "Gate" apparaît au milieu de Tokyo. Des créatures et une armée d'hommes en déferlent et s'attaquent aux civils. Youji, à la fois un otaku et un militaire doit prendre la lourde décision de sauver des gens quitte à ne pas aller à sa convention. Grâce à quoi il sera promut lieutenant après que l'armée d'autodéfense ai anéanti les monstres. Trois mois plus tard, le gouvernement japonais rassemble une armée afin de contre-attaquer l'ennemi en s'aventurant dans "Gate".
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